С 1895 по 1901 год о.Трифон был смотрителем Московского Духовного училища, ректором Вифанской, а затем Московской Духовных семинарий. 18 июля 1901 года он стал епископом Дмитровским, викарием Московской епархии, и был на этом посту почти 15 лет. Епископ Трифон часто совершал богослужения, очень полюбившиеся москвичам, много проповедовал, вел огромную церковную и общественную работу, не оставляя и своих научных трудов. За удивительный дар слова верующий народ прозвал его «Московским Златоустом». Владыка был духовно связан со многими подвижниками Русской Церкви — Оптинскими старцами Анатолием и Варсонофием <f z-1>(которого возвел в сан архимандрита), старцем Гефсиманского скита Варнавой, старцем Захарией. После начала Первой мировой войны епископ служил в действующей армии. На польском фронте он получил контузию и вынужден был возвратиться в Москву с расстроенным здоровьем. .