В 1891 году Борис принял монашеский постриг с именем Трифон в честь святого мученика Трифона — так исполнился обет, данный матерью. Вскоре о.Трифон был рукоположен в иеродиаконы, а затем в иеромонахи. Старец Амвросий благословил его на учебу в Московской Духовной Академии. Во время учебы иеромонах Трифон избрал служение в пересыльной тюрьме. В 1895 году о.Трифон окончил Академию со степенью кандидата богословия, защитив диссертацию на тему: «Древнехристианские и Оптинские старцы». Он знал пять языков: греческий, латынь, французский, немецкий и английский.